笔者同意第二种意见。
民事活动中，经常发生合同名称与合同内容不一致从而引起合同性质争议的情形，本案即为一例。司法实践中，确定合同性质的通常方法是既要考察合同名称，又要考察合同所涉及的民事法律关系、合同订立过程、合同内容、签订合同的目的以及合同的履行情况等因素。
1.双方当事人所签协议的性质实为经济适用房买卖协议
第一，从合同的签订过程看。双方当事人在签订协议前互不相识，通过房地产专业中介公司的中介，并在该中介公司职员帮助、见证下签订了协议，这与通常的民间借贷的中介特征明显不符。
第二，从合同履行情况看。在合同履行中，双方从未办理房屋抵押手续，与通常的民间借贷中用房屋抵押的处置方式不符；并且余某于当日即将涉案房屋的钥匙、产权证原件、土地证原件、购房发票、住宅质量保证书原件及住宅使用说明书原件等资料全部交付给了吴某，吴某亦一直入住涉案房屋。
第三，从合同内容看。协议的内容中有借款数额、抵押物及抵押期限，却没有借款期限，与通常的民间借贷的约定条款不符。协议中约定抵押期限为5年，双方当事人及中介公司均承认知道有关经济适用房5年内不得交易的管理规定，而且吴某的陈述、证人证言均承认签订协议就是为了规避经济适用房5年内不得直接上市交易的相关管理规定。因此，该协议的性质实为经济适用房买卖协议。
2.该经济适用房买卖协议应当认定无效
第一，本案所涉经济适用房买卖协议违反经济适用房管理制度，系双方当事人与中介公司所明知的。经济适用住房，是指政府提供政策优惠，无偿划拨建设用地，减免相关开发建设规费，严格限定销售价格，用于解决城市低收入家庭的住房困难，具有社会保障性质的住房。为了加强和规范经济适用房的管理，国家和省、市政府都制定了严格的管理规定，其中明确规定经济适用房5年之内不得直接上市交易，如果5年内因各种原因需要直接上市交易的，政府要优先回购，回购的房屋仍然用于低收入家庭的住房保障。为了规避这些规定，双方当事人在中介公司的“帮助”下，采取了名为借款协议、实为房屋买卖的方式，且约定了办理过户手续的时间为5年之后。
第二，当事人因拆迁而获得经济适用房安置资格，并选择经济适用房安置的，仍应遵守经济适用房的管理规定。根据南京市的有关规定，部分项目因拆迁需要安置的，被拆迁人可以享有选择经济适用房进行安置的优惠条件。无论是选择货币安置、实物安置或者货币和实物结合的安置，按有关法律和政策规定，均要对被拆迁房屋进行市场价格评估，并遵循等价交换或略有补偿的原则。拆迁人在对余某被拆迁房屋进行评估后，余某选择与政府严格限定价格的经济适用房进行等价交换，这种选择较之选择市场价格的商品房或者货币安置，其可以获得比一般商品房更多的住房面积；而该等价交换的经济适用房价格与实际价值不同，不包括土地使用费、减免的规费等，亦即其取得的经济适用房的所有权是存在一定限制的。因此，余某对经济适用房的处置应当遵守相关制度和规定。如果其违反规定买卖，则不仅破坏政府对经济适用房的管理秩序，对于其他选择一般商品房安置或者货币安置的被拆迁人而言，也是极为不公平的。
第三，违反经济适用房管理规定买卖经济适用房损害了公共利益。如前文所述，经济适用房是国家划拨土地并提供一系列优惠政策、具有社会保障性质的住房，因此国家和省、市政府都制定了严格的管理规定，目的就是保证经济适用房能够真正用于解决城市低收入家庭的住房困难和移建项目的拆迁安置，真正发挥社会保障功能，也是维护国家利益、公共利益的必然之义。因家庭困难而享有购买经济适用房资格的人，与因某些特定原因、经政府批准而取得购买经济适用房资格的人，在购买、使用、出售经济适用房时，均应遵守经济适用房的管理规定。然而，在社会实践中，当事人往往采取规避方式来故意违反管理规定，严重破坏了经济适用房的管理秩序，进而损害了国家利益和公共利益。因此，本案双方当事人签订的经济适用房买卖协议属于合同法第五十二条第（四）项规定的合同无效的法定情形，应当认定为无效。
综上，原告吴某基于合同有效而诉请被告余某协助其办理涉案房屋过户手续，因涉案协议无效，其请求不应得到支持。
注：南京拆迁安置房不适用本文观点
